Появление жанра квартета флейт относится к эпохе барокко. Из того времени сохранились сочинения А. Вивальди, Г. Ф. Телемана, короля Пруссии Фридриха II, Ж.-Б. Буамортье.

Возникший как жанр прикладной музыки, создающейся, как правило, «по случаю» для конкретных музыкантов или по заказу, квартет флейт к началу XIX в. становится равноправным участником концертной жизни и обретает свой классический вид в творчестве Ф. Кулау (Дания), А. Алябьева (Россия), Л. Джанеллы (Италия), А. Рейхи (Чехия), Э. Валькирса, Ж. Кардона (Франция) и других. Также внесли свой вклад в увеличение репертуара для квартета флейт знаменитые флейтисты XIX в. – М. Стабингер, Г. Зусман, А. Фюрстенау, Э. Кёллер, И. Андерсен.

О популярности жанра квартета флейт свидетельствует и такой факт: П. И. Чайковский, будучи студентом консерватории и посещая по настоянию А. Рубинштейна класс флейты профессора Ц. Чиарди (1817-1877), на одном из торжественных концертов в честь приезда в Россию Клары Шуман участвовал в исполнении Квартета для 4 флейт Ф. Кулау, играя партию 3 флейты.

Новый этап развития жанра начинается в XX в. Связано это со стремлением композиторов отойти от традиционных жанров камерной музыки в сторону экспериментов с инструментальными составами. Э. Бозза, Ж. Кастеред, А. Черепнин, Э. Кронке, Л. де Лоренцо, Ф. Шмитт, М. Бертомьё, Ж.-М. Дамаз, П.-М. Дюбуа – вот лишь некоторые имена авторов сочинений для квартета флейт.

В России у жанра квартета флейт непростая судьба. А. Алябьев, создатель первого квартета для 4 флейт и первого русского духового ансамбля, заложил основу для развития этого жанра в России. «Ответ» Алябьеву прозвучал через столетие. В 1939 г. в Китае русский композитор А. Черепнин создал свой квартет, музыка которого от начала и до конца проникнута русским мелодизмом.

В настоящее время молодые композиторы охотно обращаются к жанру квартета флейт, интерес к нему возрождается, в том числе, и благодаря появлению в России ансамблей, подобных квартету флейт «Сиринкс».